環(huán)境工程學(xué)科是隸屬于環(huán)境科學(xué)與工程一級學(xué)科的二級學(xué)科。本學(xué)科是在原農(nóng)業(yè)環(huán)境保護(hù)學(xué)科基礎(chǔ)上發(fā)展而來，1984年開始招收碩士研究生，1993年獲碩士學(xué)位授予權(quán)。
　　
　　本學(xué)科的主要研究方向包括：（1）廢棄物處理與資源化工程：主要研究污水污泥、生活垃圾、畜禽糞便和其他有機(jī)固體廢棄物的無害化與資源化技術(shù)；（2）環(huán)境微生物工程：采用常規(guī)的和分子生物學(xué)的技術(shù)進(jìn)行環(huán)境中特異微生物的篩選、鑒定及研究這些微生物應(yīng)用于環(huán)境污染控制和清潔能源工程上的方法與工藝；（3）污水物化與生態(tài)處理工程：重點研究電鍍廢水、洗毛廢水等工業(yè)廢水的物理化學(xué)處理方法與技術(shù)；研究生活污水與養(yǎng)殖廢水的人工濕地處理的機(jī)理、工藝與技術(shù)參數(shù)；（4）礦區(qū)污染控制：研究礦區(qū)污染物的遷移、轉(zhuǎn)化機(jī)制和控制技術(shù)，礦區(qū)開采后生態(tài)植被的恢復(fù)；（5）土壤污染與控制：研究農(nóng)業(yè)和城市土壤中污染物的環(huán)境行為及其控制和修復(fù)方法；（6）有機(jī)污染化學(xué)與控制：重點研究農(nóng)藥、持久難降解性有機(jī)污染物在土壤-植物系統(tǒng)和土壤-水體環(huán)境中的運移、轉(zhuǎn)化機(jī)制、生態(tài)效應(yīng)與控制技術(shù)。近年來，本學(xué)科進(jìn)一步向國際熱點和前沿的環(huán)境問題與邊緣學(xué)科滲透，為我國國民經(jīng)濟(jì)建設(shè)服務(wù)。本專業(yè)碩士研究生學(xué)制為3年，通過規(guī)定的課程考試和畢業(yè)論文答辯后授予工學(xué)學(xué)位。現(xiàn)有博導(dǎo)3名，碩導(dǎo)9名，具有博士學(xué)位人員占90%.
　　
　　導(dǎo)師主要人員如下：周立祥教授主要研究方向為（1）、（2）、（3）；王世梅副教授主要研究方向為（1）、（2）；代靜玉副教授主要研究方向為（5）、（6）；陳效民教授主要研究方向為（5）；蘭葉青教授主要研究方向為（4）、（5）；李福春副教授主要研究方向為（5）；張甘霖研究員（校外）主要研究方向為（5）；常志洲研究員（校外）主要研究方向為（1）；周東美研究員（校外）主要研究方向為（5）；徐仁扣研究員（校外）主要研究方向為（5）；林玉鎖研究員（校外）主要研究方向為（6）。
　　
　　已培養(yǎng)博士生和碩士生共40多名，目前在讀博士和碩士生50余名。
　　
　　本學(xué)科具有雄厚的科研力量和一流的研究設(shè)施，擁有集固體廢棄物高溫發(fā)酵、沼氣發(fā)酵、污水規(guī)模化處理、污水生態(tài)處理、污泥微生物脫毒、廢棄物園林基質(zhì)化和肥料化等設(shè)施于一體的環(huán)境工程綜合研究基地；擁有TOC儀、HPLC儀、離子色譜、冰凍干燥儀、高速離心機(jī)、原子吸收分光光度計（含石墨爐）在內(nèi)的高值儀器；擁有專門用于環(huán)境微生物分子生物學(xué)研究的各種儀器設(shè)備（PCR，DGGE，凝膠成像系統(tǒng)，高值顯微鏡），能為研究生培養(yǎng)提供良好的工作條件。本學(xué)科近年來先后承擔(dān)了國家高科技計劃（863計劃），國家重點基礎(chǔ)研究項目（973計劃）、國家自然科學(xué)基金項目、農(nóng)業(yè)部948項目、國際合作項目及江蘇省科技廳、建設(shè)廳和浙江省科技廳等項目40多項，2004年科研經(jīng)費達(dá)到500萬元（不含校外導(dǎo)師）。其中多項研究成果獲得省、部級獎勵，并與多家企業(yè)建立了良好的合作關(guān)系。獲國家發(fā)明專利6項，發(fā)表科研論文130篇以上，其中SCI收錄20篇。